真言 炉香赞： 炉香乍爇法界蒙熏诸佛海会悉遥闻随处结祥云诚意方殷诸佛现全身 南无香云盖菩萨摩诃萨（三称） 净口业真言： 唵，修利修利，摩诃修利，修修利，娑婆诃。 净意业真言： 唵，嚩日啰怛诃贺斛。 净身业真言： 唵，修哆利，修哆利，修摩利，修摩利，娑婆诃。 净三业真言： 唵，娑嚩婆嚩秫驮，娑嚩达摩，娑嚩婆嚩秫度憾。 安土地真言： 南无三满哆，毋驮喃，唵，度噜度噜，地尾，娑婆诃。 普供养真言： 唵，誐誐曩，三婆嚩，袜日啰斛。 发愿文： 稽首三界尊，皈依十方佛，我今发宏愿，持此药师经。 上报四重恩，下济三涂苦，若有见闻者，悉发菩提心， 尽此一报身，同生琉璃国。亲觐大慈父，殷勤闻真谛， 学习狮子吼，回返娑婆地，度众脱苦海，弘法利群迷。 药师佛赞： 皈命满月界净妙琉璃尊 法药救人天因中十二愿 慈悲弘誓广愿渡诸含生 我今申赞扬志心头面礼 奉请十二药叉大将 奉请宫毗罗大将奉请伐折罗大将 奉请迷企罗大将奉请安底罗大将 奉请额你罗大将奉请珊底罗大将 奉请因达罗大将奉请波夷罗大将 奉请摩虎罗大将奉请真达罗大将 奉请招杜罗大将奉请毗羯罗大将 奉请八菩萨 奉请文殊师利菩萨 奉请观世音菩萨 奉请得大势菩萨 奉请无尽意菩萨 奉请宝檀华菩萨 奉请药王菩萨 奉请药上菩萨 奉请弥勒菩萨 南无本师释迦牟尼佛（三称） 南无药师琉璃光如来（三称） 南无药师会上佛菩萨（三称） 开经偈： 无上甚深微妙法 百千万劫难遭遇 我今见闻得受持 愿解如来真实义
于是金刚藏菩萨在大众中，即从座起，顶礼佛足，右绕三匝，长跪叉手而白佛言：“大悲世尊，善为一切诸菩萨众，宣扬如来圆觉清净大陀罗尼，因地法行，渐次方便，与诸众生开发蒙昧。在会法众，承佛慈诲，幻翳朗然，慧目清净。世尊，若诸众生本来成佛，何故复有一切无明？若诸无明，众生本有，何因缘故如来复说本来成佛？十方异生本成佛道，后起无明，一切如来何时复生一切烦恼？惟愿不舍无遮大慈，为诸菩萨开秘密藏，及为末世一切众生，得闻如是修多罗教了义法门，永断疑悔。” 作是语已，五体投地，如是三请，终而复始。 尔时，世尊告金刚藏菩萨言：“善哉！善哉！善男子，汝等乃能为诸菩萨及末世众生，问于如来甚深秘密究竟方便，是诸菩萨最上教诲，了义大乘，能使十方修学菩萨及诸末世一切众生，得决定信，永断疑悔。汝今谛听，当为汝说。” 时，金刚藏菩萨奉教欢喜，及诸大众默然而听。 “善男子，一切世界，始终生灭，前后有无，聚散起止，念念相续，循环往复；种种取舍，皆是轮回。未出轮回而辨圆觉，彼圆觉性即同流转。若免轮回，无有是处。譬如动目，能摇湛水；又如定眼，由回转火。云驶月运，舟行岸移，亦复如是。 “善男子，诸旋未息，彼物先住尚不可得，何况轮转生死垢心曾未清净，观佛圆觉而不旋复。是故汝等，便生三惑。 “善男子，譬如幻翳，妄见空华，幻翳若除，不可说言此翳已灭，何时更起一切诸翳。何以故？翳华二法，非相待故。亦如空华灭于空时，不可说言虚空何时更起空华。何以故？空本无华，非起灭故。生死涅槃同于起灭，妙觉圆照离于华翳。 “善男子，当知虚空非是暂有，亦非暂无，况复如来圆觉随顺，而为虚空平等本性。 “善男子，如销金矿，金非销有，既已成金，不重为矿。经无穷时，金性不坏，不应说言本非成就。如来圆觉，亦复如是。 “善男子，一切如来妙圆觉心，本无菩提及与涅槃亦无成佛及不成佛，无妄轮回及非轮回。 “善男子，但诸声闻所圆境界，身心语言皆悉断灭，终不能至彼之亲证所现涅槃，何况能以有思惟心，测度如来圆觉境界。如取萤火，烧须弥山，终不能著。以轮回心，生轮回见，入于如来大寂灭海，终不能至。是故我说：一切菩萨及末世众生，先断无始轮回根本。 “善男子，有作思惟，从有心起，皆是六尘妄想缘气，非实心体，已如空华。用此思惟，辨于佛境，犹如空华复结空果。展转妄想，无有是处。 “善男子，虚妄浮心，多诸巧见，不能成就圆觉方便。如是分别，非为正问。” 尔时，世尊欲重宣此义而说偈言： 金刚藏当知，如来寂灭性，未曾有始终。 若以轮回心，思惟即旋复。 但至轮回际，不能入佛海。 譬如销金矿，金非销故有。 虽复本来金，终以销成就。 一成真金体，不复重为矿。 生死与涅槃，凡夫及诸佛。 同为空华相，思惟犹幻化，何况诸虚妄。 若能了此心，然后求圆觉。
佛言：辞亲出家，识心达本，解无为法，名曰沙门。常行二百五十戒、进止清净，为四真道行成阿罗汉。阿罗汉者，能飞行变化，旷劫寿命，住动天地。次为阿那含，阿那含者，寿终灵神上十九天证阿罗汉。次为斯陀含，斯陀含者，一上一还即得阿罗汉。次为须陀洹，须陀洹者，七死七生便证阿罗汉。爱欲断者，如四肢断，不复用之。